1、微生物控制。可以通过连续式或间歇式的加入非氧化性且对膜没有影响的杀菌剂，来能够有效地控制和杀死反渗透系统中滋生的微生物，然后再通过浓水将其带出系统。
2、化学污染。发生化学污染是进水中的某些物质与膜表面发生了化学反应，从而引起沉积、沉淀以及膜表面的非常规老化，导致膜表面发生污染或使膜的性能变差。经常见到的情况有：预处理时絮凝剂选用不当，运行时阻垢剂的选用不当，清洗时清洗药剂选用不当，预处理控制不严格，致使进水中带入对膜有危害的物质(如：余氯的超标导致膜面活性层的氧化)。 化学污染处理主要从系统预处理的完善及操作人员技术水平的提高来进行预防，污染一旦产生很难清洗或者很难使膜的性能恢复。

3、胶体、颗粒物沉积。胶体、颗粒物污染是比较常见的反渗透系统污染。水中大量存在粘泥、胶体硅、金属的氧化物及有机质等颗粒物，在一体化纯水设备反渗透系统预处理中可以将源水中的这些污染源控制在一定程度，不致使对系统短期运行造成一定的影响。但由于系统长时间的运行预处理处理效果不理想、预处理反冲洗不彻底、操作人员的日常操作不到位等原因，都会造成系统胶体、颗粒物的污染。为了防止反渗透系统胶体污染，我们要求进水SDI值小于5(最好是小于3)，这样有利于系统长期安全运行。